Indépendamment de la géologie, c'est la disponibilité en eau qui détermine les principaux contrastes du patrimoine naturel au sein de l'archipel.
Sa caractéristique hydrologique est en effet l'extrême variabilité de la ressource en eau dans l'espace et dans le temps : il peut tomber jusqu'à 10 mètres d'eau par an au sommet de la Soufrière, alors que, dans le même temps, la Désirade en reçoit à peine 1 et seule la Basse-Terre abrite, grâce à son relief montagneux et à son couvert forestier, des rivières pérennes (55 cours d'eau permanents), alors que les autres îles de l'archipel, particulièrement sèches, ne comptent pour l'essentiel, que des ravines, cours d'eau intermittents.

Les eaux superficielles sont captées dans de nombreux cours d'eau sur l'ensemble de la Basse-Terre pour y être distribuées. D'importants réseaux de transports et de distribution captent l'eau en Basse-Terre et l'amènent vers la Grande-Terre pour l'irrigation ou l'eau potable.
Pour ce qui est des ressources en eau souterraine , une importante ressource est disponible en Grande-Terre et dans une moindre mesure à Marie-Galante. Des potentialités existent certainement en Basse-Terre mais elles ne sont pas encore connues.

La gestion de l'eau et des milieux aquatiques en Guadeloupe est particulièrement délicate. Elle se pose à la fois en terme de préservation des milieux aquatiques , de pénurie (carême), de maîtrise de la distribution (taux de fuite très élevé) et de la qualité des eaux distribuées.
Beaucoup d'infrastructures d'assainissement ne sont pas conformes à la réglementation. Les rejets domestiques provenant de ces installations sont à l'origine, avec les effluents industriels et agricoles, de pollutions des eaux tant de surface que souterraines.

Pour faire face aux menaces qui pèsent sur les milieux aquatiques, pour améliorer la qualité de l'eau et garantir sa distribution plus efficacement, les collectivités, les usagers, les organismes consulaires et l'Etat travaillent ensemble au sein du Comité de Bassin . ils ont à leur disposition de nombreux outils de planification ou gestion comme le Schéma Directeur d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) , les schémas Directeurs d'Assainissement ou d'Adduction d'Eau Potable (SDA ou SDAEP), et ont plus récemment créé l' Office de l'Eau de la Guadeloupe , établissement public chargé d'orienter la politique de l'eau.